Chữ ký số của từng nhà cung cấp đều có những điểm mạnh riêng của mình, nhưng hầu hết nó đều có các ưu điểm chung như sau:

     Khả năng xác định nguồn gốc của chữ ký số: Các hệ thống mật mã hóa khóa công khai cho phép mật mã hóa văn bản với khóa bí mật mà chỉ có người chủ của khóa biết. Để sử dụng Chữ ký số thì văn bản cần phải được mã hóa hàm băm (là giải thuật nhằm sinh ra các giá trị băm tương ứng với mỗi khối dữ liệu: có thể là một chuỗi kí tự, một đối tượng trong lập trình hướng đối tượng, v.v…. Giá trị băm đóng vai gần như một khóa để phân biệt các khối dữ liệu). Sau đó dùng khóa bí mật của người chủ khóa để mã hóa, khi đó ta được Chữ ký số. Khi cần kiểm tra, bên nhận giải mã với khóa công khai để lấy lại hàm băm và kiểm tra với hàm băm của văn bản nhận được. Nếu hai giá trị này khớp nhau thì bên nhận có thể tin tưởng rằng văn bản đó xuất phát từ người sở hữu khóa bí mật. Vấn đề xác thực hay nhận thực là đặc biệt quan trọng vì vậy sử dụng Chữ ký số nhằm chống lại các gian lận trong giao dịch hành chính hoặc tài chính.

     Tính toàn vẹn của chữ ký số: Cả hai bên tham gia vào quá trình thông tin đều có thể tin tưởng là văn bản không bị sửa đổi trong khi truyền vì nếu văn bản bị thay đổi thì hàm băm cũng sẽ thay đổi và lập tức bị phát hiện. Quá trình mã hóa sẽ ẩn nội dung của gói tin đối với bên thứ 3.

     Tính không thể phủ nhận của chữ ký số: Trong giao dịch, một bên có thể từ chối nhận một văn bản nào đó là do mình gửi. Để ngăn ngừa khả năng này, bên nhận có thể yêu cầu bên gửi phải gửi kèm chữ ký số với văn bản. Khi có tranh chấp, bên nhận sẽ dùng chữ ký này như một chứng cứ để bên thứ ba giải quyết. Tuy nhiên, khóa bí mật vẫn có thể bị lộ và tính không thể phủ nhận cũng không thể đạt được hoàn toàn.

NNT có thể dùng 01 chữ ký số cho cả dịch vụ Khai thuế điện tử và Nộp thuế điện tử.
Trường hợp NNT cần bảo mật hoặc phân chia công việc khai thuế, nộp thuế thì có thể sử dụng 02 chữ ký số khác nhau: 01 chữ ký số cho dịch vụ Khai thuế điện tử và 01 chữ ký số cho dịch vụ Nộp thuế điện tử.
Các bước để đăng ký chữ ký số riêng cho dịch vụ NTĐT như sau:

Trường hợp đăng ký mới NTĐT:
Bước 1: Đăng nhập hệ thống Khai thuế điện tử.
Bước 2: Vào chức năng “Nộp thuế”, thực hiện kê khai đăng ký sử dụng dịch vụ.
Dùng chữ ký số thứ 2 (khác với chữ ký số cho dịch vụ Khai thuế điện tử) để ký và gửi đăng ký đến Cơ quan thuế.

Trường hợp đang sử dụng 01 chữ ký số cho cả dịch vụ Khai thuế điện tử và Nộp thuế điện tử:
Bước 1: Đăng nhập vào hệ thống Khai thuế điện tử.
Bước 2: Vào chức năng “Nộp thuế”, đăng nhập mật khẩu mức 2.
Bước 3: Vào chức năng “Tài khoản Thay đổi thông tin”.
Bước 4: Kết nối chứng thư số thứ 2 (Khác với chữ ký số cho dịch vụ Khai thuế điện tử), “Thay đổi Serial chứng thư số”, nhập mã PIN chứng thư số để hoàn thiện đăng ký.

NNT có thể phân cấp trong nội bộ để thực hiện NTĐT như sau:

Phần công việc của Kế toán:
Kế toán đăng nhập hệ thống Khai thuế điện tử, sau đó vào chức năng “Nộp thuế” và đăng nhập mật khẩu mức 2.
Lập GNT vào NSNN, sau đó nhấn nút “Hoàn thành” và thực hiện “Trình ký”.

Công việc ký duyệt của Giám đốc:
Đăng nhập vào hệ thống Khai thuế điện tử, sau đó vào chức năng “Nộp thuế” để đăng nhập mật khẩu mức 2.
Vào chức năng “Tra cứu Tra cứu chứng từ”, chọn điều kiện trạng thái là “Đã trình ký”.
Xét duyệt giá chữ ký số, sau khi đồng ý sẽ ký duyệt và gửi đến Tổng cục Thuế.